Dzūkijos regionas pasižymi saugomų teritorijų gausa. Projekto teritoriją apimančiose vietovėse svarbiausioms saugomoms teritorijoms priskiriami Žuvinto biosferos rezervatas, Čepkelių valstybinis gamtinis rezervatas, Dzūkijos nacionalinis parkas, Veisiejų ir Metelių regioniniai parkai, Rūdninkų girios, Baltosios Vokės bei Pertako miško biosferos poligonai.

Rūdininkų girios biosferos poligonas - Eugenijaus Drobelio nuotrauka

Žuvinto biosferos rezervatas įsteigtas 2002 m. Žuvinto valstybinio gamtinio rezervato, Žaltyčio botaninio – zoologinio ir Amalvo botaninio – zoologinio draustinių pagrindu. Bendras biosferos rezervato plotas – 18 490 ha. Rezervatas įrašytas į Ramsaro konvencijos saugomų teritorijų sąrašą, jam taip pat suteiktas Natura 2000 teritorijos statusas. Pagrindine jo dalimi yra Žuvinto gamtinis rezervatas, plytintis 5 983 ha plote. Šio rezervato tikslas yra išsaugoti pelkėjantį ežerą ir didžiausią Lietuvoje pelkių kompleksą, kurie yra svarbūs vandens ir pelkių paukščiams. Toks įvairialypis gamtinis darinys teikia išskirtines sąlygas sparnuočiams gyventi ir apsistoti migracijų metu. Žuvinto ežeras ir aplinkiniai pelkynai yra saugomi dar nuo seno, nes čia 1937 m. buvo įsteigta pirmoji saugoma teritorija Lietuvoje.

Čepkelių valstybinis gamtinis rezervatas įsteigtas 1975 m. Jo plotas yra 11 227 ha. Rezervatas įrašytas į Ramsaro konvencijos saugomų teritorijų sąrašą, jam taip pat suteiktas Natura 2000 teritorijos statusas. Rezervato tikslas išsaugoti didžiausią aukštapelkę Lietuvoje, raisto ežerėlius, žemynines kopas ir išskirtinai turtingą gyvūnijos bei augalijos pasaulį. Aukštapelkė plyti 5 858 ha teritorijoje, buvusių poledyninių marių guolyje. Raiste per 20 ežerų ir ežerėlių, gausu mišku apaugusių salų – žemyninių kopų gūbrių. Aplink visą rezervatą plyti dideli miškų masyvai.

Dzūkijos nacionalinis parkas įsteigtas 1991 m. Jo plotas 58 519 ha, tai didžiausia saugoma teritorija Lietuvoje. Parkas apima didelę Dainavos girios dalį, kontinentinių kopų masyvus, apjungia Nemuno, Merkio, Ūlos, Grūdos, Skroblaus, Starujos upių hidrografinį tinklą. Šioje saugomoje teritorijoje saugoma netik unikali šio krašto gamta, bet ir kultūros paveldas00. Parko teritorijoje išlikę miškuose išsidėstę kaimai, kuriuose dar išlikęs senasis bendruomeninis gyvenimo būdas, papročiai, senieji verslai ir amatai. Merkinėje ir Liškiavoje saugomi istoriniai archeologiniai ir architektūriniai urbanistiniai kompleksai.

Etnografinė sodyba Kapiniškių kaime - Mariaus Karlono nuotrauka

Metelių regioninis parkas įsteigtas 1992 m. Parko plotas  17 680 ha. Jis įkurtas siekiant išsaugoti didžiųjų Pietų Lietuvos ežerų Dusios, Metelio, Obelijos  ir jų apylinkių kraštovaizdį bei gamtos ir kultūros paveldą. Parkas įdomus gynybiniais piliakalnių kompleksais, gatviniais kaimais. Ežerai yra svarbūs paukščių migracijos metu, kaip laikino poilsio ir mitybos vietos.

Veisiejų regioninis parkas įsteigtas 1992 m. Parko plotas  12 515 ha. Šis parkas įsteigtas siekiant išsaugoti Veisiejų ežeryno kraštovaizdį, gamtos ir kultūros paveldo vertybes. Gamtiniu požiūriu vertingiausias yra Šlavantų, Veisiejų, Kapčiamiesčio ežerynas. Kultūros paveldo vertybėms priskiriamas Veisiejų miestelio urbanistinis kompleksas, piliakalniai, alkakalniai ir senovės gyvenvietės.

Baltosios Vokės biosferos poligonas įsteigtas 2004 m, jo plotas – 1 391 ha. Poligono tikslas yra išsaugoti Baltosios Vokės šlapžemių ekosistemą ir ten gyvenančius vandens bei pelkių paukščius.

Rūdninkų girios biosferos poligonas įsteigtas 2004 m., jo plotas – 20 095 ha. Poligono tikslas yra išsaugoti Rūdninkų girios ekosistemą. Ją sudaro Kernavo pelkynas, miškai ir buvusio karinio poligono teritorijoje plytintys atviri viržynai ar net pustomi smėlynai. Teritorija vertinga įvairiems miško ir pelkių paukščiams.

Pertako miško biosferos poligonas įsteigtas 2005 m., jo plotas – 1 123 ha. Poligono tikslas yra išsaugoti Pertako miško ekosistemą ir ten gyvuojančią kurtinių populiaciją.